张琪教授勤于总结之余，亦笔耕不缀，将自己的宝贵思想和经验毫无保留，见诸笔端，传之于世，先后出版《脉学刍议》、《临床经验集》、《张琪临证经验荟要》、《张琪临床经验辑要》等著作8部，主审由其学术继承人张佩青等整理编著的《中医临床家张琪》、《张琪肾病医案精选》及《国医大师临床经验实录 张琪》《国医大师临床研究 张琪临床医学丛书》4部，在《砭石集》、《中国名老中医经验集萃》等书中亦有著述。尤其是《国医大师临床研究 张琪临床医学丛书》可谓张琪毕生学术思想集大成之作。