与此同时，新冠病毒新变异毒株的出现也给控制疫情增添了不确定性。当地时间2020年12月29日，科罗拉多州报告美国首例新冠变异病毒感染者，该变种病毒病例最先在英国出现。而该男子之前没有旅行史，目前正处于隔离中。第二例新冠病毒变异毒株感染者于加利福尼亚州确诊，美媒分析称，新冠病毒变异毒株或已在美国“人传人”。

　　此前，英国专家表示，此变异毒株极具传染性。而美国也因此担忧，假使新冠病毒变异毒株所引发的疫情仅仅处于传播初期，而美国还未控制早先尚未变异的新冠病毒引发的疫情，同时全美医疗机构和设施已然超负荷，那么在2021年1月美国将面临前所未有的危机。

　　另据美国有线电视新闻网(CNN)报道，福奇2020年12月30日接受采访时表示，倘若美国可在4月底实施全美接种，那么有望在2021年初秋前恢复正常生活，“只要有70-85%的民众都接种了疫苗，那么就有可能实现群体免疫来控制疫情。”