1986年，被北京大学聘为副教授。

1990年，被北京大学聘为教授。

先后担任北京大学化学学院高分子科学与工程系主任、高分子科学研究所所长。

北京大学研究生院常务副院长、北京大学副教务长。

1999年，被增选为中国科学院院士。

2001年06月-2004年07月，任国务院学位委员会办公室主任、教育部研究生工作办公室(学位管理与研究生教育司)主任、司长;并先后兼任教育部学位与研究生教育发展中心主任、“211工程” 部际协调小组办公室主任 、“教育部财政部985工程”办公室主任等职。

2004年7月-2008年11月任吉林大学党委常委、校长。

2008年11月14-2013年3月22日起任北京大学党委常委、校长。

2013年3月当选第十二届全国人民代表大会常务委员会委员。

2013年3月22日，因年龄原因，不再担任北京大学校长职务。