2002年，崔永元突然离开《实话实说》，之后人们才知道原因是他得了重度抑郁症。走出抑郁症阴影的崔永元曾在接受央视《人物》栏目专访时，自曝几年前得重度抑郁症时，每天都在想着自杀。小崔坦言想自杀是因为精神困惑。

经过治疗，崔永元也明白，他确实不能改变这个社会，但这个社会也改变不了他，也算是扯平了。2003年7月，崔永元开始主持新节目《小崔说事》。

2004年4月3日，崔永元积数年心血创制的新栏目《电影传奇》开播，内容涉及150部老电影。崔永元在节目中既是主持人，又是主要演员，既讲故事又演故事。崔永元说：《电影传奇》离我的理想特别近。因为，它是原创的，是一个创新。同时又监制推出了老电影歌曲联唱专辑《宁死不屈》。

2012年4月14日，崔永元主持的第一期《谢天谢地，你来啦》开播。

2012年9月28日，崔永元和周立波主持的《小崔说立波秀》在中央电视台财经频道播出从9月28日开始每晚21：20在CCTV-2十日连播。

2013年9月19日，崔永元录制《谢天谢地，你来啦》，这是他在央视的最后一场节目录制，已向央视递交辞呈的他给现场观众三鞠躬，去意已决。

2013年10月27日上午，崔永元已确认加盟河南卫视，与台湾著名漫画家蔡志忠、著名文化学者钱文忠一起担任《成语英雄》节目中的嘉宾。

2014年10月16日，崔永元已确认加盟安徽卫视，与曾志伟、蔡明一起担任《超级笑星》节目中的嘉宾，也是崔永元的喜剧综艺节目的首秀。

2014年10月28日晚，崔永元在微博上确认主持东方卫视的一档“别具个人风格的新闻节目《东方风云汇》”。

2015年1月12日，崔永元主持了一档节目《东方眼》。