1971年6月，全国“523领导小组”由原来的国家科委、中国人民解放军总后勤部、国防科工委、卫生部、化工部、中国科学院6个部门改为由卫生部、总后卫生部、化工部和中国科学院三部一院领导。

　　在卫生部领导的敦促下，中药所重新组织力量进行筛选。屠呦呦仍担任组长，并与钟裕蓉等其他组员继续提取了120余种中药，郎林福和刘菊福做动物筛选，未获满意结果。

　　屠呦呦提出复筛曾经显示效价较高的中药青蒿，后改用沸点比乙醇低的乙醚提取青蒿，最终在1971年10月4日得到对鼠疟具有100%抑制率的青蒿中性提取物。

　　1972年3月8日，屠呦呦作为中药所的代表，在全国“523办公室”主持的南京“中医中药专业组”会议上报告了青蒿乙醚中性粗提物的鼠疟、猴疟抑制率达100%的结果，引起了全体与会者的关注。

　　1972年8月，屠呦呦带队在海南岛观察乙醚中性提取物的临床疗效。组里的其他成员倪慕云、钟裕蓉以及助手崔淑莲在所里进行有效单体的分离，11月8日，分离得到三种结晶，即青蒿素Ⅱ。但很可惜的是，中药所用青蒿素Ⅱ赴海南开展的临床试用效果很不理想。1973年下半年到1974年期间，中药所的青蒿素提取工作一直进展不顺，也未能再提取出青蒿素开展进一步的临床验证。