1996年，藤本回日本采购日本料理材料时，被日本警方以“违反入国管理法罪”逮捕。

此后释放后再度回到北朝鲜。但是在1998年到北京采购时，因为他秘密打了电话给日本警视厅的一名部长，此事被北朝鲜获知后遭到软禁。但是2001年，他感觉几乎没有任何原因就会随时被杀死，驱使他2001年逃离这个国家。　2016年1月9日报道，有一位叫藤本健二的日本人给金正日家族当过10年的厨师。藤本健二是一位专做日本料理的厨师，东京出身，1982年被介绍前往平壤工作。由于他会做一手好寿司，深得喜欢吃日本料理的金正日的欣赏，1989年起担任金正日的专属厨师。此后还被金正日指定为金正恩和金正哲两个孩子的家庭教师，因此与金正日一家的私交很好。

　　藤本表示后继者金正恩是一个很聪明的人，学习也相当勤奋。他举例说，有一天早晨，金正恩来到他的房间，对还躺在床上的藤本说，自己很是担忧，国家经济这么困难，我们需要向中国学习，也应该改革开放，把经济搞上去。藤本说："那时，金正恩还只是一个17岁的孩子。他居然有这样的想法，很是让自己感到惊讶"。