与吴奇隆于1999年4月合拍电影《还我情深》擦出爱火花，其后两人公开恋情。蔡少芬与吴奇隆相恋三载，其间经历过不少风风雨雨，后来蔡少芬亲口证实他们已正式分手，至于原因与第三者无关，全是性格不合所致；他们是在一些生活小事积累下来，就会变成大事。他们的分手实令人有点无奈及唏嘘的感觉。

　　这对曾经的情侣都花了十年青春为各自父母还债。吴奇隆的父亲生意失败欠下港币一千多万，为了代父还债，吴奇隆前后十年分别做过小贩、救生员、装修、地盘、清洁工人以至艺人，至今都未能还清。因此，蔡少芬发生这样的麻烦事，他虽然会难过，但也是爱莫能助。

　　蔡少芬表示他们性格不合，她有心事会找朋友倾诉，对方有事则埋在心中。吴奇隆对任何人也很好，但是那种感觉真是说不出来，在近几个月大家觉得应该是时候讲清楚。蔡少芬亦亲口说过与奇隆相处有过辛苦的感觉，其实在拍拖半年后开始，他们两人分隔两地，只有以通电话来维系感情，长此下去令两人沟通出现问题，分手亦是理解得到的事。吴奇隆是蔡少芬唯一肯承认的男友。

　　蔡少芬曾说他们之间是认真相爱过，她好珍惜一切，大家也对这段情努力过，所以她无后悔有过这段情。蔡少芬坦言两人之间并无压力，亦承认曾为了分手一事而伤心；不过她随后想，奇隆又不是消失了，他们仍是好朋友，有些事不一定要得到才是圆满，他们已享受过一个快乐过程，终点到了便要完结。分隔两地难以维系。与吴奇隆分手后，先后与合作过的小生吴启华、马浚伟、黄子华传出绯闻。