清朝雍正年间对土家族地区实行 改土归流 后，土家族中的有识之士，在前人识药治病，实践知识累积的基础上，进行了理论上的总结和实践的反复验证，使土家族医药有了进一步的发展。这时期土家族民间出现了许多医药抄本，如湘西有《老祖传秘方》、《草药十三反》、《七十二方》等。清末恩施州名医汪古珊著有《医学萃精》一书，此书是集传统中医与土家族医药为一体、突出地方特色的医药专著。

土家族医药认为人体主要由三元、十窍、肢节、筋脉、气血精组成，认为产生疾病的主要原因是瘟气(指引起疾病之风、寒、湿、火)、生活饮食、劳损外伤、情志、气血失调、冷热失衡等因素。土家族医药在长期的临床实践中，逐步积累了一些独特的诊疗方法。

主要通过看诊、问诊、听诊、脉诊、摸诊等五个方面来观察和了解疾病的变化，分析判断疾病的症结。土家族医药的临床治疗方法繁多，归纳起来可分为两大类：一是药物治疗，二是非药物疗法。土家族医药的非药物治疗方法独特，简便廉易，临床上有较好的效果。

50年代后期，湘西土家族苗族自治州各县对中草药进行重点调查，60年代末至70年代初中期，各地广泛开展 一根针 、 一把草 防病治病，有力地促进了民族医药的发展。1978年，湘西州成立了医药科学研究所(后更名为湘西州民族医药研究所)。70年代末，恩施地区成立中草药研究所。1988年湖南省成立了民族医药研究会，召开了首届土家族医药学术研讨会，专题研讨土家族医药。

湖北省恩施土家族苗族自治州在州县医院内，还开设了具有土家族医药特色的痔科、骨科、骨伤科、民族医专科等诊疗科室。在土家族医药学术继承方面，各地也做了许多整理和继承工作。在民族医药保健产品的研制上，各地都根据自身特点进行大胆尝试。土家族医药研究及国内外学术交流从80年代中期也开始活跃起来。